اجرای حقوق بین‌الملل در محاکم داخلی کشورهای ایران و عراق با چالش‌های متعددی مواجه است که ریشه در عوامل حقوقی، سیاسی و ساختاری دارد. این چالش‌ها، اگرچه در دو کشور مشابهت‌هایی دارند، اما به دلیل تفاوت در سیستم‌های حقوقی، ساختار سیاسی و شرایط خاص هر کشور، در شدت و ماهیت با هم تفاوت‌هایی نشان می‌دهند. یکی از چالش‌های اساسی، تعارض احتمالی بین قوانین داخلی و حقوق بین‌الملل است. در هر دو کشور، قوانین داخلی به عنوان قانون حاکم در نظر گرفته می‌شوند و در صورت تعارض بین قوانین داخلی و معاهدات بین‌المللی، معمولاً قوانین داخلی اولویت دارند. این امر، به ویژه در مواردی که قوانین داخلی با اصول بنیادین حقوق بین‌الملل، مانند حقوق بشر، تعارض داشته باشند، مشکلات جدی ایجاد می‌کند. در کشور ایران، مفهوم ولایت فقیه و نقش آن در تفسیر و اجرای قوانین، می‌تواند به تعارض با اصول بین‌المللی بی‌طرفی و استقلال قضایی منجر شود. در عراق، نفوذ گروه‌های سیاسی و قبیله‌ای در سیستم قضایی می‌تواند در اجرای بی‌طرفانه حقوق بین‌الملل موانع ایجاد کند. چالش دیگر، عدم وجود مکانیسم‌های اجرایی مؤثر برای احکام دادگاه‌های بین‌المللی در محاکم داخلی است. احکام دادگاه‌های بین‌المللی لزوماً به‌طور خودکار در محاکم داخلی اجرا نمی‌شوند. این امر، موجب می‌شود که احکام دادگاه‌های بین‌المللی در عمل بی‌اثر باشند.در کشور ایران، این نگرانی‌های ملی‌گرایانه و عدم تمایل به تابعیت از احکام دادگاه‌های بین‌المللی که ممکن است با منافع ملی در تعارض باشد، تشدید می‌شود. در عراق، به دلیل ضعف نهادهای دولتی و بی‌ثباتی سیاسی، امکان اجرای احکام دادگاه‌های بین‌المللی به‌طور مؤثر کاهش می‌یابد